前もドメインブロックされたときに、負荷の話があって、そのときにも回答しました。Misskey.ioよりもユーザー数が多い複数のMastodonやPleromaサーバーと連合していますが、それでいままで何ら問題ありませんでした。

Misskey.ioでだけ問題がおこるというなら、それはもはやMisskeyのバグです。MastodonやPleromaを見ならって直すべきです。